海口市在2019年开展的机构改革中，将市人力资源和社会保障局的城镇从业人员和城镇居民基本医疗保险和生育保险、市卫生和计划生育委员会的新型农村合作医疗、市发展和改革委员会的药品和医疗服务价格管理、市民政局的医疗救助等行政职责整合，组建海口市医疗保障局（以下简称市医保局）。市医保局于2019年3月29日在海口市行政中心正式挂牌组建。2019年4月16日，海口市委办公室、市政府办公室联合印发《海口市医疗保障局职能配置、内设机构和人员编制规定》，批准海口市医疗保障局作为主管全市医疗保障工作的市政府工作部门，单位规格为正处级。市医保局设5个内设机构，分别是办公室、政策法规科（行政审批办公室）、待遇保障科、医疗医药服务管理科、基金监管科（市医疗保障稽查执法局、审计科）。根据三定方案，市医疗保障局主要承担基本医疗保险（含职工医保、居民医保、生育保险、新农合）管理、医疗救助工作、定点医疗机构医保协议制订和医保支付管理、跨省异地就医结算管理、医保基金监管等方面工作职责。

市医保局自组建以来，始终坚持以人民为中心的发展思想，团结带领全市医疗保障系统实干担当、开拓进取，有效应对风险挑战，平稳有序推进机构改革，高效承接和整合市人社局、市卫健委、市发改委、市民政局等四部门移交的医疗保障行政管理职能，进一步理顺医保管理体制，积极配合省里构建适应海南自贸港建设的全覆盖、保基本、多层次的医保服务体系，认真落实医疗保障基金全省统收统支、城乡居民基本医疗保险制度合并、生育保险和职工基本医疗保险制度合并、国家统一的医保信息平台改造上线和DIP（按病种分值付费）医保支付方式改革等改革工作，扎实推进巩固医疗保障脱贫攻坚成果同乡村振兴工作有效衔接工作，大力打击欺诈骗保，强化医药价格监测，促进医疗保障更加公平可持续发展，确保医保基金合理使用、安全可控，引导医疗服务市场和医药产业健康发展，积极助力医疗、医保、医药“三医”联动改革，较好地服务地方经济社会发展大局和海南自由贸易港建设。