原森林法确立了以森林采伐限额、采伐许可证和木材运输证制度为主体的林木采伐管理制度，对保护和发展森林资源起到了重要作用。在森林法修订过程中，关于林木采伐管理制度有两种意见。一种建议取消采伐限额，放开集体林或者人工商品林采伐许可和木材运输管制；另一种认为，采伐限额和采伐许可是保护森林资源重要的宏观调控手段，完全放开林木采伐和木材运输管制，可能造成采伐失控，森林资源遭到破坏。在广泛听取各方意见和调研论证的基础上，本次修订保留了森林采伐限额和采伐许可证制度，同时按照“放管服”改革精神进行了完善；删除了木材生产计划、木材调拨等带有计划经济色彩的内容；取消了木材运输许可制度。具体修改内容主要有五个方面：
第一，下放采伐限额审批权。将原森林法有关采伐限额由省级人民政府审核后，报国务院批准的规定，修改为采伐限额经征求国务院林业主管部门意见，报省级人民政府批准后公布实施，并报国务院备案。主要考虑，在征求意见过程中，地方对于采伐限额与实践脱节，无法满足开展森林经营需求的意见较大。将审批权下放后，有利于地方结合本地实际科学编制采伐限额，压实地方责任。国家林草局可以在前期指导的基础上，通过森林资源保护发展目标责任制和考核评价机制加强对地方监管，确保森林资源稳定增长。省级人民政府将编制的采伐限额报国务院备案，也有利于国家准确掌握森林资源消耗情况，提高监管效率。
第二，调整采伐许可证核发范围。原森林法规定，采伐林木必须申请采伐许可证。本次修订规定采伐林地上的林木应当申请采伐许可证，自然保护区以外的竹林不需要申请。非林地上的农田防护林、防风固沙林、护路林、护岸护堤林和城镇林木的采伐，由有关主管部门按照有关规定管理。需要注意的是，相关修改并不意味着削弱非林地上林木的保护管理，如护路林、护堤护岸林、城镇林木等的采伐还应当按照《公路法》《防洪法》《城市绿化条例》等规定进行管理。
第三，完善采伐许可证审批程序。针对实践中林木采伐申请“办证繁、办证慢、办证难”“来回跑、不方便”等问题，新修订的森林法完善了采伐许可证的核发程序，明确要求县级以上人民政府林业主管部门应当采取措施，方便申请人办理采伐许可证。一是删除了采伐目的、林况等采伐申请材料要求；二是不再“一刀切”地要求申请人必须提交伐区调查设计材料，而是由省级以上人民政府林业主管部门规定一定的面积或者蓄积量基准。超过基准量的，申请者才应提交伐区调查设计材料，没有超过的，则不需提交；三是规定符合林木采伐技术规程的，应当及时核发采伐许可证，明确了不得核发采伐许可证的情形，从正反两方面严格林木采伐管理机制，减小具体执行中的自由裁量空间，切实提高林木采伐办证效率。
第四，增加了林木采伐的特别规定。一是关于采挖移植林木的管理。近年来，一些地方出现大量采挖移植大树导致破坏植被、毁坏林地等现象，引起了社会广泛关注，为切实加强和规范树木采挖移植管理，新修订的森林法规定“采挖移植林木按照采伐林木管理。具体办法由国务院林业主管部门制定”，一方面明确了采挖移植树木管理的法律依据，对进一步细化管理规定和标准提出了要求，另一方面也为苗圃地建设等采挖移植活动留下空间。二是关于特殊情况采伐的例外规定。修订后的森林法为解决公益林、自然保护区内林木，因林业有害生物防治、森林防火、遭受自然灾害等需要采伐的问题，有针对性地进行了特殊规定。新规定解决了实践中保护性质的采伐措施没有法律依据的问题，但为避免例外规定被盲目扩大，相关的细化规定还需在配套办法中进一步明确。
第五，强化森林经营方案的地位和作用。森林经营作为林业专有概念，是以提高森林质量，建立稳定、健康、优质、高效的森林生态系统为目标，为修复和增强森林的供给、调节、服务、支持等多种功能，而开展的一系列贯穿于整个森林生长周期的保护和培育森林的活动。森林生命的长周期和森林类型的多样性决定了森林经营活动的系统性和复杂性，必须按照森林经营方案科学实施。修订后的森林法，一是明确国有林业企业事业单位必须编制森林经营方案，并新增了未编制森林经营方案或者未按照批准的森林经营方案开展经营活动的法律责任。二是规定国家支持、引导其他林业经营者编制森林经营方案。三是要求国务院林业主管部门制定编制森林经营方案的具体办法。